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En Contra , el jugador controla a uno de los dos comandos militares armados llamados Bill "Mad Dog" Rizer y Lance "Scorpion" Bean, que son enviados en una misión para neutralizar a un grupo terrorista llamado Organización Red Falcon que está planeando apoderarse de la Tierra . Los detalles de la configuración del juego varían entre los materiales complementarios: las versiones japonesas establece el juego en el año 2633 en la ficticia  el juego durante la presentes en una isla sin nombre sudamericano. La historia de América también cambia la identidad de "Red Falcon" de ser el nombre de una organización terrorista con el nombre de una entidad extranjera