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La historia se sitúa en 2641 d. C. (cinco años después de los acontecimientos de Contra III: The Alien Wars), en donde la amenaza alienígena ha terminado y la civilización se reconstruye. Para hacer cumplir el orden público, en un mundo que se reconstruye, el destacamento de fuerzas Unificado Militar Especial Móvil Fuerza K-X (a.k.a. "Hard Corps") es montado.

El juego empieza cuando un sistema de seguridad ha sido violado, lo que hace que robots se escapen y causen estragos en la ciudad. La insurrección de robots es sólo una distracción para llamar la atención del equipo Hard Corps, mientras un destacamento de fuerzas desconocido se infiltra a el complejo del ordenador de defensa de la ciudad. La remota investigación conduce al Coronel Bahamut, un héroe de “Alien Wars”, quien aspira a la dominación mundial con la ayuda de una célula alíen que había sido almacenada en el complejo de defensa. Esto aumenta a los miembros del destacamento de fuerzas Hard Corps para investigar y vencer esta amenaza.

La historia, dependiendo de cuál camino tome el jugador, puede variar. Esto queda reflejado en cinco diferentes finales buenos y uno malo.